徐霞客之游，以崇祯九年(1636)为界，可分为前后两期。万历丁未至崇祯八年(1607～1635)为前期，主要慕游名山；崇祯九年至崇祯十三年(1636～1640)为后期，完成了西南万里遐征。
自20岁游太湖开始，徐霞客定方而往如期而返。天启五年(1625)徐母去世，徐霞客孝满之后感慨地说：“昔人以母在，此身未可许人也；今不可许之山水乎。”(陈函辉《徐霞客墓志铭》)，于是拜别父母坟墓，放志远游，不计程，亦不计年，旅泊岩栖之间。崇祯五年(1632)，徐霞客曾与友人陈函辉点灯夜话，自叙半生游迹：“万历丁未，始泛舟太湖，登眺东、西洞庭两山，访灵威丈人遗迹。自此历齐、鲁、燕、冀间，上泰岱，拜孔林，谒盂庙三迁故里，峄山吊枯桐，皆在己酉。而余南渡大师落迦山，还过此中，陟华顶万八千丈之巅，东看大小龙湫，以及石门、仙都，是在癸丑。惟甲乙之间，私念家在吴中，安得近舍四郡？秣陵为六朝佳丽地，高皇帝所定鼎也。二十四桥明月，三十六曲浊河，岂可交臂失之！迨丙辰之履益复远：春初即为黄山、白岳游；夏入武彝九曲；秋还五泄、兰亭，一观禹陵窆石；系缆西子湖，又将匝月，丁巳家居，亦入善权、张公诸洞。登九华而望五老，则戊午也。抵鱼龙洞，试浙江潮，至江郎山、九鲤湖而返，则庚申也。以辛酉、壬戌两岁，历览嵩、华、玄三岳，俯窥赢、渤，下溯潇、湘，齐州九点烟，尚隐隐如指掌间，忆所遇异人，如匡庐之慧灯禅师，终南之采药野人，太华之休粮道者，了无风尘色相，至今犹在目中也。”当陈函辉问他是否感觉到累时，他回答说：“未也。吾于皇舆所及，且未悉其涯涣，粤西、滇南，尚有待焉。即一峨嵋一行，以奢酉发难，草草至秦陇而回，非我志也。自此当一问阆风、昆仑诸遐方矣。”可见他的目标是要尽游天下。这次“夜话”之后，他于次年(1633)游了山西的五台山和恒山，然后家居两年。
徐霞客前期旅游历时近30年，足迹遍及江苏、浙江、安徽、山东、河南、河北、北京、陕西、山西、江西、福建、广东、湖北等省市，留下游记17篇，约5万余字，占现存游记的7%。与后期游记比较，前期游记有一个非常醒目的特点，即除了前、后两篇《闽游日记》外，其他15篇均为游名山日记，这些名山依次是浙江天台山；浙江雁宕山(今雁荡山)；安徽白岳山(今齐云山)；安徽黄山；福建武彝山(今武夷山)；江西庐山；安徽黄山(第二次)；福建九鲤湖；河南嵩山；陕西太华山(今华山)；湖北太和山(今武当山)；浙江天台山(第二次)；浙江雁宕山(第二次)；山西五台山；山西恒山。
第一阶段徐霞客多在春天或秋天出游，时间少则十天半月，多则一两个月，一般不超过三个月。其中最长的一次是崇祯六年(1633)，先北上京师，游盘山；再往山西游五台山、恒山；然后往东南游福建。
后期之游只有一次，历时四年，是徐霞客一生中出游时间最长的一次。这次旅行，途经八省，历时四年，写下游记64万余字。
早在1620年，他起程去福建九鲤湖时就说过：“余志在蜀之峨眉、粤之桂林，及太华、恒岳诸山；然蜀、广、关中，母老道远，未能卒游。”崇祯九年(1636)，徐母已经故去，徐霞客自己年届五十，“老病将至”，觉得西游之志不能再加拖延，于是，毅然开始了西南方向的“万里遐征”。他于崇祯九年(1636)九月十九日从江苏江阴出发，途经浙江、江西、湖南、广西、贵州，最后到达云南。在云南两年，足迹北过鸡足山到丽江，西过大理到腾越。徐霞客认为，昔人所记星官舆地，不只有承袭附会的毛病，而且对长江黄河以及昆仑等山脉的记载都只局限于“中国一方”，未能穷尽源头，因此，他准备问津西域，作海外之游。到了云南之后，他本想去缅甸，经朋友劝阻而止。他在云南因“病足”行动不方便，应丽江木太守之邀，花三个月时间修成《鸡足山志》，再由木太守派人派车送他返家，经湖北、安徽，于崇祯十三年(1640)六月回到江阴。归家后卧病在床，“不能肃客，惟置怪石于榻前，摩挲相对，不问家事”(陈函辉《徐霞客墓志铭》)，仍与友人谈旅游的事，每至深夜不倦。次年正月病逝，临终托友人季梦良整理游记、陈函辉作墓志。三月九日葬于江阴。
徐霞客病情危重时曾对前来问候的朋友说：“张骞凿空，未睹昆仑，唐玄奘、元耶律楚材，衔人主之命，乃得西游。吾以老布衣，孤筇双屦，穷河沙，上昆仑，历西域，题名绝国，与三人而为四，死不恨矣。”(钱谦益《徐霞客传》)可见他非常清楚地意识到，西南遐征是他一生最大的骄傲，他将因此而与张骞、玄奘一样载入史册。
综合《徐霞客游记》及其他有关资料，可以按时间先后将徐霞客一生主要旅行路线概述如下。
第一次出游。万历三十五年(1607)，徐霞客年二十，从家乡乘舟入运河，游太湖，并登眺东西洞庭两山，访灵威丈人遗址。母亲为他这次出游制作了“远游冠”，以壮行色。
第二次出游。万历三十七年(1609)，游历齐鲁燕冀京师(今山东、河北、北京)诸地。他沿京杭大运河北上过京口(今镇江)、扬州，并横渡长江。进山东，游览曲阜、泰安等地，拜谒孔林，访孟庙以及孟母三迁的旧迹，凭吊峄山古桐等。
第三次出游。万历四十一年(1613)春，与江阴迎福寺莲舟和尚一起，先抵杭州，东行经绍兴、宁波渡海游落迦山(今普陀山)，无游记。以后循海南行，第一次游天台山和雁宕山(今雁荡山)，有《游天台山日记》和《游雁宕山日记》。
游天台山的路线为：三月的最后一天自宁海县城起程，四月初一进入天台县境，四月初九离开天台山。他游览过华顶峰、石梁飞瀑、断桥三曲瀑布及珠帘水、寒岩、明岩、鸣玉涧、琼台、双阙、赤城等地，沿途经过天封、万年、国清、方广诸寺。
游雁荡山的路线为：游天台山后从黄岩进入雁荡山。四月十一日登灵峰洞，十二日游灵岩，十三日观赏大龙湫瀑布，十四日翻山越岭，冒着生命危险寻找雁湖。
第四次出游。万历四十二年(1614)冬至次年春，溯长江而上，游京口、扬州、金陵(今南京)等地，尤其着意于二十四桥明月、三十六曲浊河等名胜古迹。
第五次出游。万历四十四年(1616)，与浔阳叔翁一起，过完春节即由水路南下至杭州，经安徽休宁抵白岳山，再游黄山；又经徽州、金华过仙霞岭到福建崇安，游武彝山(今武夷山)。有《游白岳山日记》、《游黄山日记》、《游武彝山日记》。
游白岳山的路线为：正月二十六日出休宁县西门，至二月初一日，皆在白岳山。先游览东部齐云岩景区，包括天门、珠帘水、榔梅庵、太素宫、文昌阁、舍身崖诸胜，并眺览三姑峰、五老峰、紫霄崖。后经西天门、双溪街游览了西部石桥岩景区，观石桥飞虹、龙涎泉，登棋盘石，游观音岩，寻龙井。
游黄山路线为：游白岳山后，二月初三到汤口，在黄天，浴汤池后从南往北登山，过祥符寺、慈光寺、天门登平天、狮子峰，游狮子林、接引岩，至松谷庵。由原路登山，十一日出汤口。
游武夷山的路线为：二月二十一日至二十日游武夷山。先溯九曲溪舟行，抵六曲，登陆上大隐屏、天游峰，徊西游小桃源、鼓子岩、灵峰，至狮子岩复乘舟由九曲顺流而下，至四曲再登陆，觅大藏、小藏诸峰及一线天、会真观换骨岩、水帘洞、杜辖岩等，至赤石街下舟返崇安。
第六次出游。万历四十五年(1617)，游宜兴的善卷张公诸洞。这一年，徐霞客原配许氏去世。
第七次出游。万历四十六年(1618)八九月间，与荫兄雷门、堂侄白夫一起，由江阴出发溯长江而上，经九江扣庐山，又渡都阳湖，过景德镇、安徽祁门，重登黄山。有《游庐山日记》和《游黄山日记后》。
游庐山的路线为：八月十八日到九江，次日从北麓型山；二十三日从南麓的开先寺别庐山。在庐山五日，遍游矗池、三叠泉、五老峰及庐山绝顶汉阳峰等胜景。
重游黄山的路线与第一次大同小异，于九月初四仍由汤口上山，从南往北经朱砂庵、石门、文殊院、平天砸、石笋矼至狮子林；转向东南观牌楼石，游仙灯洞；再过丞相原九龙潭，初六日经苦竹滩往太平县。
第八次出游。泰昌元年(1620)五六月间，与族叔隽若一起，由水路南下，经杭州，第二次入福建，经崇安、崔田，游九鲤湖。有《游九鲤湖日记》。
《徐霞客游记》说，这次出游时间为六十三天。于五月初六起程，二十三日过浙江江山县，南远至近，移步换形，观赏江郎山；六月初八、初九游览福建仙游县九鲤湖；六月十一日游福建福清县的石竹山。
第九次出游。天启三年(1623)春，循运河北上，经淮安西行，过徐州、郑州而游嵩山；再西游太华山，后南抵太和山。有《游嵩山日记》、《游太华山日记》、《游太和山日记》。据陈函辉《徐霞客墓志铭》、钱谦益《徐霞客传》，游太和山后有峨眉之行，入川后因当地土酉奢崇明叛乱而“峨游不畅”，“乃返”。
据《游嵩山日记》，徐霞客于二月二十日进入登封县境，二十四日离开少林寺，在嵩山游历五天；二十五日游览伊阙山的龙门石窟之后，取道去西岳华山。在嵩山，主要游览了岳庙、嵩阳宫、崇福宫、启母石、少林寺、初祖洞等地。
据《游太华山日记》，徐霞客于二月的最后一天进入潼关，到华山北麓的西岳庙；三月初三日下华山，过华阴县；初四进入洛南县境；初七至龙驹寨，取道丹江水路，初十日出陕西界。在太华山，徐霞客经玉泉院、莎罗宫、青柯坪，历千尺幢、百尺峡、老君犁沟、苍龙岭等险道，遍游华山五峰。《游太华山日记》是按日记程的开始，即此前均为游名山日记，此篇所记已不限于名山，而是逐日记述游程。
据《游太和山日记》，徐霞客于三月十一日进入湖广境内，十二日南抵均州，十三日登今湖北丹江口武当山。沿途游遇真宫、紫霞宫、南岩、太和宫、五龙宫以及滴水、仙侣、凌虚诸岩，并攀登绝顶天柱峰金顶。十五日下山，返北麓草店。此后取汉水、长江舟行，越二十四日，于四月初九返家。
第十次出游。天启四年(1624)，徐母八十，徐霞客欲停止出游，在家侍奉母亲。徐母为了支持儿子继续远游，特与儿子一起游宜兴荆溪、金坛句曲，朋友们都“笑谓胜具真有种也”(陈函辉《徐霞客墓志铭》)，传为佳话。徐母于天启五年(1625)九月去世。
第十一次出游。崇祯元年(1628)春，第三次入福建，到漳州访族叔日升；又访黄道周于漳浦墓庐。然后游广东罗浮山，“携山中梅树归”(陈函辉《徐霞客墓志铭》)。有《闽游日记前》。
《闽游日记前》是徐霞客第三次游福建的日记，主要行程为：二月二十八日离家，三月十二日登丹枫岭入福建，至浦城游金斗山；取水路经建宁(今建瓯县)至延平(今南平市)登陆，绕道顺昌、将乐、永安，游玉华洞；再从宁洋乘船过华封，然后水陆兼程，至漳州；四月初五至南靖。第十二次出游。崇祯二年(1629)，由运河北上京师，访陈仁锡，游盘山、崆峒山及永平碣石山等。
第十三次出游。崇祯三年(1630)，与叔祖念莪一起，七月十七日起程，三十日过江山青湖，舍舟登陆。八月初二日入福建(第四次)浦城，十九日抵漳州。基本路线与第三次游闽一致，只是南平至永安段从沙溪船行。这次新游览的景点有浙江福建之间的浮盖山，游白花岩、龙洞，登浮盖绝顶。在永安游桃源涧，盛赞“一线天”之奇。过华封，沿流穷九龙江石滩最险处。有《闽游日记后》。
第十四次出游。崇祯五年(1632)春，与族兄仲昭一起，接连两次游天台山与雁宕山(今雁荡山)，有《游天台山日记后》与《游雁宕山日记后》。
《游天台山日记后》为第二次和第三次游天台山的日记。这年三月十四日从宁海西行，重游天台。十五日登华顶赏月，归寺已更余；十六日五鼓又乘月上华顶观日出。这次还补游了上次未游的大悲寺、高明寺、石笋及螺蛳潭。二十日抵天台县。游览了雁荡山之后，又第三次游天台山。四月十六日从天台县城北上，游中岩、桐柏宫，登琼台观仙人座；十七日经坪头潭，游寒岩、鹊桥、龙须洞、灵芝石等天台以
西胜景；十八日往北游桃源、层瀑、秀溪，入万年寺；然后由北经会墅、斑竹出境。这次距第一次游天台已经二十年，徐霞客自己回忆说，二十年前，对天台胜景“未深穷其窟奥”，这次则“瞰于崖端，高深俱无遗胜矣”。
《游雁宕山日记后》是第三次游雁宕山的日记。《游天台山日记后》说：“(三月)二十日抵天台县。至四月十六日自雁宕返。”可见徐霞客曾于崇祯三月二十一日至四月十五日第二次游雁宕山。《游雁宕山日记后》是四月二十八日至五月初八日第三次游雁宕山的游记。这次，登天聪洞，上雁湖顶，见正德年间白云、云外两僧庐，直至雁山绝顶见鹿群。
据《徐霞客墓志铭》，陈函辉曾问徐霞客是否到过雁山顶，徐霞客“听而色动”，第二天一大早即来到陈函辉床前告别：“予且再往，归当语卿。”过了十来天，徐霞客果然来见陈函辉，详细谈及雁山绝顶的情形。另，陈函辉《前纪游》组诗《序》云：“壬申初夏，(徐霞客)同其兄仲昭过予山斋，将再穷雁宕诸胜。”组诗之八中“注”云：“霞客语予：‘宿雁山绝顶，上有麋鹿千群’。”崇祯五年即壬申年，可见陈函辉在《徐霞客墓志铭》和《前纪游》中所说的正是这次雁宕山之游。也就是说，徐霞客于三月二十一日至四月十五日游过雁宕山，未到顶峰，也未曾写游记。当陈函辉问到他是否到过顶峰时，他无言以对，于是决定重游，直奔顶峰而去，并写下详细游记。
陈函辉《前纪游序》还说，徐霞客“自云：‘吾行且陟昆仑出西域矣’”，可见此时徐霞客已经有了明确的西行计划。这年七月，徐霞客与黄道周一起泛舟太湖，以“孤云独往返”为韵，即席赋诗。霞客诗先成，深得黄道周赞赏。
第十五次出游。崇祯六年(1633)夏，徐霞客北上京师，七月末西行游山西五台山和恒山，然后又返回京师；再由长江直下漳州三访黄道周，未遇。有《游五台山日记》和《游恒山日记》。
徐霞客于七月二十八日离开京城，途经保定，八月初四过阜平县，初五进入山西境内，然后花了四天时间遍游南西中北四台。初八离开五台山赴恒山，初九入浑源州境，初十游龙山及悬空寺，十一日登恒山绝顶。
第十六次出游。崇祯九年(1636)，年届五十的徐霞客感到自己老病将至，计划已久的西游计划再也不能迁延，毅然踏上旅途，开始了他一生中最后一次也是最壮烈的一次“万里遐征”。这次旅行，基本上是按日记程，对旅途情形作了较详细的记载。我们可以根据游记概括其主要旅游路线。
据《浙游日记》，徐霞客于崇祯九年九月十九日乘醉放舟，同行者有静闻和顾、王两位仆人。为了与徐仲昭、王孝先、王忠纫、陈函辉、陈继儒等亲友晤别并为这次远行做一些准备，取“东迂之道”，途经今属江苏省的无锡县、苏州府、昆山县及今属上海市的青浦县、佘山，然后开始真正的“西行”。二十五日由嘉善县入浙江省境内，经西塘、王江泾、乌镇、连市、新市、塘栖等地到杭州府；然后西到余杭，步行过临安县、新城县(今富阳县西境)，再由水路东下，至桐庐县；再往南转溯富春江，经严州府(今建德县)、兰溪县、金华府，再往西经龙游县、衢州府，十月十六日抵达与江西搭界的常山县。同行的王二于十月初五逃走。
据《江右游日记》，徐霞客于崇祯九年十月十七日进入江西玉山县，往西经广信府(今上饶市)及铅山、弋阳、贵溪、金溪等县，至建昌府(今南城县)，游新城(今黎川县)、南丰县后，又从建昌府出发，往西经宜黄、乐安、永丰、吉水等县到吉安府，再西经永新县，于崇祯十年正月初十进入湖南境内。在江西境内，徐霞客沿途游览了叫岩、龟峰、龙虎山、上清街、麻姑山、仙岩、石蛩、青原寺、梅田洞等名胜，并登临会仙峰、军峰山、武功山顶峰，遍游武功山附近香炉峰、石城洞、石门寺诸名胜。
据《楚游日记》，崇祯十年正月初十，徐霞客由界头岭进入湖南境内，十一日经茶陵州、攸县、衡山县到衡州府(今衡阳市)；又经祁阳县、永州府(今零陵县)、道州(今道县)、江华县、蓝山县、临武县、宜章县、郴州、永兴县、耒阳县，在湘南游历一圈之后，回到衡州府，再西溯湘江，于闰四月初七日进入广西。
据《粤西游日记一》，崇祯十年闰四月初八日至六月十一日，徐霞客主要在广西东北部游览。闰四月初八日从黄沙铺向西南行，途经全州、兴安县，游柳山和湘山寺，登金宝鼎，探湘江源，考察灵渠运河和严关，二十八日至桂林。在桂林山水之间徜徉近一个半月，遍游桂林四周胜景如虞山、叠彩山、伏波山、七星岩、隐山、雉岩、南溪山、崖头山、荷叶山、刘岩山、象鼻山、穿山、龙隐岩、屏风岩、中隐山、侯山、牛角岩、狮子岩等等，其中，七星岩和雉山分别上过两次和三次。不仅如此，还往东北攀登桂林最高峰尧山，过靖江王墓群；往东南畅游漓江水，考察阳朔附近的龙洞、来仙洞、读书岩、白鹤山，登富教山。只有独秀峰处王城禁地，徐霞客多次要求攀登而未能如愿，成为终身遗憾。六月初十日，徐霞客离开桂林，沿途游琴潭岩、荔枝岩、牛洞、上岩等，十一又一路游览，来到永福县境内的苏桥，“遂与桂山别”。据《粤西游日)，崇祯十年六月十二日至九月二十一日，徐霞客主要在广西北部及东南部游览。这段时间，经永福县、洛容县至柳州府又往北经柳城县至融县(今融水苗族自治县)。然后返柳州，继续南下，过象州及武宣县，到浔州府(今桂平县)再往东南方向的郁林州、北流县、容县游览一圈，回到浔州府。再取水路经贵县、横州、永淳县(今横县西境)，月二十三日抵南宁府。此后一段时间皆在南宁府，但游记散佚，仅存九月初九登罗秀山一则。在这一地区游览的主要名胜有：立鱼山、柳侯庙、真仙岩以及勾漏、白石、都峤三山。
据《粤西游日记三》，崇祯十年九月二十二日至十二月初十，徐霞客主要游览广西西南部。九月二十二日从南宁乘舟，取道左江经新宁舟(今扶绥县)达太平府(今崇左县)，往西北经太平、安平、恩城、龙英(今龙茗)、下雷、镇远等州，又经都结州(今隆安县西境)、隆安县，沿右江西岸，于十二月初十日回到南宁。沿途游览的主要景点有犀牛洞、碧云洞、白云洞、观音岩、龙井、壶关、飘岩、百感岩诸洞等等。
据《粤西游日记四》，崇祯十年十二月十一日至十八日，徐霞客为了带走朋友静闻的骸骨，带病在南宁府与恶僧交涉，十九日离开南宁，北出昆仑关，经南丹卫治三里城(今上林县境)，抵庆远府(今宜山县)，转往西北，经河池州(今河池县)、南丹州(今南丹县)，于崇祯十一年三月二十七日出广西。在三里城停留五十天，遍游韦龟岩、独山岩、小独山、青狮岩、白崖堡岩洞、琴水岩、佛子岭等名胜；在庆远府停留二十三天，遍游会仙山诸洞、龙隐岩、九龙洞、三门岩、观岩，登多灵山。经河池州游狮子洞、北山。
据《黔游日记一》，徐霞客于崇祯十一年三月二十七日出广西，进入贵州下司，往北经独山州(今独山县)、都匀府(今都匀市)、麻哈州(今麻江县)、平越卫(今福清县)；转西经新天卫(今贵定县)、龙里卫(今龙里县)、贵阳府(今贵阳市)，然后绕道广顺州游白云山，过平坝卫(今平坝县)，再西经安顺府(今安顺市)、镇宁州(今镇宁布依族苗族自治县)、关索岭守御所(今关岭布依族苗族自治县)，四月二十四日抵北盘江东侧的永宁。沿途主要游览的名胜有：杨宝山、古佛洞、白云山、双明洞、白水河等，白水河瀑布即今黄果树瀑布，为我国最大的瀑布。
据《黔游日记二》，徐霞客于崇祯十一年四月二十五日过盘江桥，往西经安南卫(今晴隆县)、新兴所(今普安县)和普安州(今盘县特区)，五月初九到达贵州最后一站亦字孔驿。沿途主要游览了北盘江上
的铁索桥、晴隆威山的三明洞、普安的观音洞、盘县特区的碧云洞和丹霞山，还考察了南北盘江的源流。
《滇游日记一》为徐霞客由黔入滇之后最初八十七天的游记，于清顺治二年(1645)的变乱之中毁于火。这一段游踪，可从《徐霞客游记》其他部分透露的信息作大致的概括：崇祯十一年五月初十日由滇南胜境关入云南，过平夷卫(今富源县)、交水(今曲靖市西平镇)，然后往南沿南盘江以船行为主，抵曲靖府、越州卫(今曲靖市越州)和陆凉州(今陆良县)，沿途沐石堡温泉，游览陆凉西部的石门(今乃古石林)胜景，再经嵩明州(今嵩明县)南部的杨林，抵云南省城(今昆明市)。在昆明游太华山，写《游太华山记》和《滇中花木记》；然后从滇池东岸往南，经呈贡、晋宁、江川等州县，至通海县有秀山，再南达临安府(今建水县)，考察泸江源。七月十五日在石屏；八月初一日游颜洞，写《游颜洞记》。继续往东到阿迷州(今开远市)，转北经弥勒州达广西府(今泸西县)，途中写《随笔二则》。为了体例的整齐，现在一般将上述四篇文章作为《滇游日记一》。
据《滇游日记二》，崇祯十一年八月初七日，徐霞客在广西府(今泸西县)，考察南盘江；然后往东北经师宗州(今师宗县)、罗平州(今罗平县)，到贵州的黄草坝(今贵州兴义市)；八月二十九日复入云南。
据《滇游日记三》，崇祯九月初一日，徐霞客从云南东界今富源县的笔冲起程，途经亦左县(今曲靖市西平镇)、寻甸府(今寻甸县)、嵩明州(今嵩明县)，二十九日达昆明东北郊的三家村。这次横穿滇东，为了尽量不与原来走过的路重复，多取间道小径或人迹罕至的山区，沿途洗沐了石堡温泉，游览了东山寺、宗镜寺、法界寺、翠峰山寺。还考察了车湖、嘉丽泽等高原湖泊及滇池主要水源--盘龙江源，写成《盘江考》。
据《滇游日记四》，崇祯十一年十月初一日，徐霞客第二次来到昆明，结交了唐大来、吴方生、阮仁吾、唐玄鹤、张调治、张石夫、周恭先、金公趾、马云客、阮玉湾、阮穆声等一批滇中名士。在昆明，环游滇池一周。从南郊南坝乘船，横渡滇池，到安江上岸，绕经晋宁、昆阳、安宁等州，取道草海湖堤，从西郊夏家窑和土堆回城，沿途游览的主要景点有：白鱼口、天女城、金沙寺、石将军、牛恋石、龙王堂、石城、安宁温泉、曹溪寺、进耳寺、棋盘山等；滇池之外还游览了西北郊的筇竹寺、海源寺上洞和中洞、妙高寺、沙朗天生桥、富民河上洞等。十一月十一日抵达武定府(今武定县)，此后缺十九天的日记。季梦良整理游记时曾询问当日随徐霞客同行的仆人，得知徐霞客曾在武定留憩数日，遍阅武定诸名胜。后至元谋县，登雷应山，见活佛，为作碑记，穷金沙江。然后出官庄，经大姚县、姚安府、姚州而达鸡足山。
据《滇游日记五》，因同行的顾行病弱，徐霞客十二月初在元谋县官庄茶房滞留数天，初六起程，往西经大舌甸、水井屯、仓屯桥等村到大姚县；再往南经龙冈卫到姚安府；再往西南经弥兴、普溯、云南驿到洱海卫(今祥云县)；转往北经宾阱的宾居、州城附近及牛井，二十二日到达鸡足山。途中在大姚游妙峰山德云寺，作《宿妙峰山》，诗云：“路织千山积翠连，穷边欲尽到天边”；在姚安游览活佛寺、清莲庵；在祥云游览水目山、清华洞、九鼎山；并登鸡足山绝顶观日出。除夕夜，住在万山深处的僧房，凭窗看熠熠星光下朝山进香者彻夜荧然不绝的火光，徐霞客感叹：“此一宵胜人间千百宵！”
据《滇游日记六》，崇祯十二年正月，徐霞客遍游鸡足山上诸胜景，考察山形地貌，搜寻清泉、悬瀑、陡崖、奇树、静室，了解诸寺渊源，抄录碑刻，寻访遗迹。还记载了正月十五观灯、人工喷泉、架桥渡水等活动以及僧侣们的日常生活情形。正月二十二日应木增的邀请离开鸡足山赴丽江。途经中所屯、北衙、西邑、松桧、辛屯、冯密等地，从南往北，穿过鹤庆府，沿途游览腰龙洞、鸡鸣寺等名胜；再往北经七和，过邱塘关，二十五日抵达丽江府，二十九日在解脱林受到木增的隆重迎接。
据《滇游日记七》，崇祯十二年二月最初的十天，徐霞客受到木增的盛情款待，他为木增整理编校文稿，为其《山中逸趣集》写跋，并辅导木增儿子的学习。二月十一日离开丽江南下，经鹤庆，游青玄洞及鹤庆的龙潭群；再往西经汝南哨、山塍塘，十四日抵剑川州，遍游金华山上的土主庙、天王石、玉皇阁、三清阁、玉虚亭、崖门诸胜；十八日抵浪穹县(今洱源县)，游茈碧湖、九台温泉及佛光寨，直至月终。
据《滇游日记八》，崇祯十二年三月初，徐霞客到浪穹县南部的凤羽坝子停留七日，登鸟吊山，游清源洞，欣赏白族的种种风俗人情。初九离开浪穹，往南经邓川州(今洱源县南部)赴大理府，沿途游览欣赏普陀崆温泉、邓川西湖、油鱼洞、蝴蝶泉、“十里香”奇树、古佛洞、清碧溪及大理石等等；三月二十日离开大理，过下关，往西经漾濞街、永平县，途中攀登苍山西坡的石门，登宝台山，考察澜沧江铁索桥及炉塘的红铜矿；二十八日抵平坡，进入永昌府(今保山市)。
据《滇游日记九》，崇祯十二年四月初十，徐霞客离开永昌府西行，途经怒江、高黎贡山、龙川江桥，十三日抵腾越州城；后来经顺江、固栋、南香甸、界头、瓦滇、曲石等游腾越北境。腾冲是徐霞客一生游历最西的地方。
据《滇游日记十》，崇祯十二年五月，徐霞客主要游览腾冲南境，途经绮罗、团山、杨广哨、半个山等地，最南至马鹿塘一带，游览范围达今德宏傣族景颇族自治州梁河县境。十九日离开腾越州东返，六月份都在滇西重镇永昌，遍游附近胜景。在整个《徐霞客游记》中，有关永昌的记载最多。据《滇游日记十一》，崇祯十二年七月，徐霞客游历了一般人很难涉足的永昌西北境，经虎坡、大寨、松坡、蛮边、北冲、清水关等处，游览了水帘洞瀑布，并登上高黎贡山东坡的石城。二十九日离开永昌南行。关于永昌，除了《徐霞客游记》之外，还有《永昌志略》和《近滕诸彝说略》等专文。
据《滇游日记十二》，崇祯十二年八月初一日，徐霞客从小猎彝起行，往东南经枯柯新街、右甸(今昌宁县)、锡铅、顺宁府(今凤庆县)、鹿塘达云州(今云县)，再回顺宁府，往北过澜沧江和黑惠江进入蒙化府(今巍山彝族回族自治县)；转东过龙庆关到迷渡(今弥渡县)，再往东转北，经过洱海卫(今祥云县)、荞甸、宾川州，于二十二日回鸡足山。
据《滇游日记十三》，崇祯十二年八月二十三日至九月十四日，徐霞客在鸡足山一边治病，一边搜集资料，考察地形，并继续游览水帘洞瀑布、山脊灵泉、崖半洞穴等地；九月十五日以后，受木增邀请，修撰《鸡山志》。现存日记至九月十四日止，《鸡山志》留存至今的只有《鸡山志目》和《鸡山志略》一、二。另有《丽江纪略》、《法王缘起》和《溯江纪源》(又名《江源考》)，当写于此时或稍后。徐霞客在鸡足山赠妙行诗两首的原件现存云南省博物馆，是徐霞客流传至今的唯一手迹。崇祯十三年正月，徐霞客已“两足俱废”、心力交瘁，木增派人护送他东归。