《大日经》共三十一品，分两大部分，第一部分即第一品〈入真言门住心品〉，为该经教相部分，也就是讲该经的基本教义，或者说基本义理、基本理论和思想。第二部分即第二品〈入漫荼罗具缘真言品〉至第三十一品〈嘱累品〉，为该经的事相部分，也就是讲密法和修行实践，包括基本内容、主要方法、器具条件、规则方式等等。其中第二品是该部分的中心，讲该经的主要密法。
第一品分三大段，第一大段即第一自然段，为该经的序言。第二大段即二、三自然段，为该经的核心，讲全经的中心思想。第三大段从第四自然段至品末，解释和展开第二大段的思想内容。第一大段序言交代该经产生的背景，将要说法时的情景和经中要说的是什么法，即表明全经的主题。在交代背景时首先说明该经法的来历，所谓「如是我闻」，因为释迦牟尼创立佛教之后很长一段时间没有文字，他所说的法靠弟子们一代代口耳相传，后来结集成经之时，每个人都说出他们各自听说的法，所以第一句话就说我是这样听说的，在这里也用了这样的话来表明将要说的经的来历。其次交代说法的时间、地点、说法者和听讲者。
据一行《大日经疏》说，密教的经文需要浅深两种理解，浅略的理解就是文字表面的意思。深秘的理解就是在文字中所含有的特定的意思。如说如来以菩萨之身为狮子座，浅略的意思是说诸菩萨深心敬法，以至于以身体来支撑如来所坐的狮子座，而深秘的意思则是如来本行菩萨道时，次第修行如同登阶梯，后一地以前一地为基础，精进无畏，步步进升，直至十一地。
又如说来集会的十九执金刚和四大菩萨，表示大日如来的十九种内证功德和定慧慈悲四种德性，故每一个执金刚和菩萨的名字并不仅是个代号，而有其特定的含义，如秘密主，表面上是夜叉，实际则代表佛之身语意三密。这就需要触类而思，尤其注意的是其事相，一句真言、一个手印、一件器具都表示一种特定的含义，如一朶莲花、一枚金刚杵，或表示慈悲，或表示定慧，金刚杵置于莲花上，则表示对立的两极和合为一体，或表示生死即是涅槃，众生即是佛，而在另一处也许表示其它的意思。
再次，说大众集会坐定之后，佛以其神通力展现种种情景，以使听众从中领悟本经所要说的主题，所谓身语意平等句法门，并由此引起听众的思考和提问。最后，进一步说明本经所要说的教法主题，就是要讲密教诸菩萨如何在此一生内初发心之时，便能顿觉成佛，如何使有情众生消灭轮回受苦的根源，而得如来善根种子，以至如同植物一样生根发芽、长茎出叶、开花结果，最后亦能得成佛果，所谓真言道清净句法门，《疏》称顿觉成佛神通乘。
第二大段分三小部分，第一部分即第二自然段，提出问题；第二部分从第三自然段开始，直到「乃至一切分段中求不可得」，通过回答和论证问题来阐明全经的中心思想；第三部分从「秘密主此菩萨净菩提」等至段末，讲本经所说法门的功用。
第一部分中首先提出一个总的问题，即全经主题的内容，因为上段中佛示现了种种不可思议的境界，佛能一时普现于十方三世，同时显现为种种不同的形体像貌而在一切地方为有情众生说法，大会听众不免产生疑问：既然佛能示现如此神通的外用境界，必定有其内在的本原，或者动力，所谓「相彰于外，必有性成于内」，而这本原、动力、性质究竟是什么呢?金刚手明白大众的心理，便乘此提出问题，问佛如何成就菩提，得到一切智智而能如此这般。这里借金刚手的话提出问题之后， 便举出五种譬喻来说明如来内在本原的特性，即内性外相的同一性和世界的无差别性，也就是说一切众生色心意识的本质，从无始本际以来，本是佛之平等智身，一体不二，如同海水无论何处都是同一个咸味一样。然而这样的佛智本性是如何发生形成的呢?这就是经中借金刚手的话提出第二个问题，也就是第一个总问题的具体化和进深一步。
第二部分首先就近回答第二个问题，然后以此为基础回过头来回答第一个问题，再后加以论证。因根究竟三句是讲菩提发生的过程和因果联系，也就是全部修行实践的理论概括，包涵了佛教的全部内容，也可以说该经通篇讲的无非是此三句，所以《疏》说：「以此三句义中，悉摄一切佛法。」但在此是从修行成佛的角度说的，就修行过程的因果联系而言，无意于以它来包罗全部的佛法，说它悉摄一切佛法，不过是从广义上的理解罢了。
在此已知如何修行进趣，但还不知道如来佛性种子之所在，不知从何处得此一切智智，于是回答第一个总问题，说菩提就是如实知自心，佛法不是从他处得，而是从行者自心得，如果能于自心如实观察，了了证知，就叫成菩提。
如实知自心一句是该经的核心思想，全经通篇讲因行果三句，无非就是为了明白这句话的道理，无非就是让你如实证知自心，所以一行在《疏》中总结说：「此品统论经之大意，所谓众生自心即是一切智智，如实了知名为一切智者。是故此教诸菩萨真语为门，自心发菩提，即心具万行，见心正等觉，证心大涅槃，发起心方便，严净心佛国，从因至果，皆以无所住而住其心，故曰入真言门住心品也。」这一段对全经大意的概括最精辟不过了。
密教学上曾经对《大日经》的法体，亦即主题或中心思想有过争论，有的说净菩提心一切智智是一部法体，有的说阿字本不生是一部法体，有的说阿尾罗哞欠五字门是一部所说大宗，有的说四阿字门是一部所说大宗，还有的说三平等句法门是一部所说主旨，还有的说因行果三句是一部所说主旨，这种观点直到现在还广为流行。
其实，一部经典的法体，或大宗、或主旨，无非就是该经所要说的最基本的一个道理，也就是它哲学上的原理，如果抓住了最基本的原理，一切问题也就迎刃而解了。《大日经》所说的基本原理，正是体现在它专讲教义部分的题目上，即「住心」二字上。广而言之，住，就是如实证知；心，就是众生自心，亦是佛心净心。但如何而住呢?其原因、条件、结果如何呢?这就是因根究竟三句，讲的是住心的基本条件和过程，但这种条件、基础、过程如何才能具备呢?这就是身语意三密，讲的是住心的基本方法和途径，如果用传统的体相用来分析，住心就是体，三句就是相，三密就是用。
然而又如何把握心呢?这就是心之自性清净，心之本不生，心之无分别，心之无相无得等等，讲的都是心之特性、事物之共性，都是从不同角度而言。一行之所以以「众生自心即是一切智智，如实了知名为一切智者」二句作为全经之大意，其用意正在于此。
经文以下阐发和论证如实知自心一句，从阿耨多罗三藐三菩提至本性清净故，是正面阐释，此后是从反面加以论证。正面阐释以表明自心之特性，即唯一、无相、无能所，总之本性清净。反面论证以表明不可不如实证知，心不在内外等，就一切事物和现象论证心之本性实相，非青非黄等，就种种对「真我」的外道观点加以论证。心不住眼界及非见非显现等，就佛教内部种种偏见加以论证。心、虚空界、菩提三种无二等，就性相的关系加以论证。最后总结正反论证，引导出本宗的结论： 初发心时直观自心实相，故下称此门为初法明道，《疏》称顿觉成佛入心实相门。
第三部分讲入此真言住心门的功用，每一种功用前后所说，都有递进增生的关系，如获除一切盖障三昧，则与诸佛菩萨同等住，则得五神通之力；得五神通之力，则可获得无量语言音陀罗尼；而获此陀罗尼，则又能知众生心行。如此递相增生，直至成就菩提，期间功德无数，故最后说无量功德皆得成就。
第三大段主要讲各种认识相续发生的过程，以及处于不同认识阶段中的各种心理现象。
共分四小段，第一段即第四自然段，提出九大问题。第二段即第五自然段，讲最高的认识境界和三十种外道的认识，及菩提种子最初相续发生的过程。第三段第六自然段，讲世间六十种心理现象及认识，和出世间的各种不同阶段的认识。第四段即第七自然段，讲密教的认识。第一段提出九个问题来展开和发挥第二大段的意思，这九个问题就是：一、如何知道此心菩提种子发生?若已发生，其性质如何?二、菩提心发生之时有何相貌？三、有几心次第相续而得生菩提心? 四、相续诸心有何差别之相?五、诸心相续胜进凡经几时而得净菩提心?
六、菩提心聚集多少微妙功德?七、如何修行而能获得无上悉地?此句可分为二句，① 问以何方法进行修行?②问修行的规则是什么?八、众生之异熟识心如何?九、真言行者的殊胜心如何?此九个问题亦略称九句，或将第七问分为二问，称十句。一行引善无畏的话说，从此以后迄至经终，皆是如来酬九问之意广分别说。但并不按顺序依次而说，或后问先答，文无定准，或又转生疑问，以尽支流。
第二段分三小部分，第一部分即「如是说已」之后诸偈颂，主要回答第一、二问。第二部分从「秘密主，无始生死愚童凡夫」至「希求顺理解脱」，回答第三问，说三十种外道之违理之心。第三部分从「秘密主，愚童凡夫犹如羝羊」至第二段末，继续回答第三问，说顺世八心。
第一部分中头两句赞叹金刚手，后四句赞叹经中所说之法。「越百六十心」等四句回答第一问，「无量如虚空」等六句回答第二问，最后两句说初发心之处所起始。
第二部分举出三十种外道的观点，实指以万物有灵思想为基础的原始宗教和信仰，以及由此进一步发展而来的多神教及一神教等有神论宗教，其共同的一个特征是违背因果规律，不知前因后果的客观联系，不能观察认识灵魂、神祇虚幻不实的本性。
第三部分说递进相续而生的顺世八心，如以善恶来划分，三十种外道之见是恶心，亦即消极的心理和认识，顺世八心是善心，亦即是积极的心理和认识，因为这八种心理和认识是顺应因果规律，知道前因后果的必然关系，知道善恶受报的道理，但深浅程度不同，故有八种相次递生的认识。其中第八心亦可分为二心，婴童心之外有殊胜心，即择而从善之心，殊胜心又可分出决定心，即证得一般空理之心。故《疏》作十心。
又第八心中举出自在天等外道，并以此无畏依婴童心为世间最高的认识层次，这岂不与上部分中所举之外道见被视为邪见相矛盾吗?其实两者并不矛盾，如《疏》所说，前者不识因果关系而盲目崇拜，认为这世界就是由自在天所造，而后者已认识到因果关系，知道善恶受报，归依自在天外道，修行善业，想以此从生死流转中得到解脱，故同是自在天外道但认识却不一样。
第三段分两小部分，前一部分自段首至「凡百六十心」，回答第四问心相句；第二部分自「越世间三妄执」至段末，回答第九问殊胜心句。心相共一百六十心，在此举出其中六十心。这六十心相是在修行中产生的各种不正确的心理现象和认识。其产生的原因，或者是修行者本性所致，或者是积习太深，或者是用心不专。其出现的方式，或者同时杂起，或者相次而生，故须随时留心观察，加以克服和制止。《疏》中指出了对每一种心理现象加以对治的办法。后一部分说殊胜心，也就是出世间心，实指佛教的认识。先说违世八心，也就是声闻、缘觉二乘的认识，实际上指原始佛教和部派佛教阶段的认识。
所谓违世八心，是指与世间的认识，包括佛教以外的、世俗的，或宗教的各种认识相背离的认识，或者说是对世界的有神论的认识相对立的无神论的认识。这八种认识也同前一大段一样有相续胜进的层次关系，一层比一层高，但总称之为出世间心。
其次说大乘有宗的认识，即无自性心。再次说大乘空宗的认识，即极无自性心。而此诸认识，每一心又有十心。此三心与三劫相对应，出世间心生即超越一劫瑜祇行，无自性心生即超越二劫瑜祇行，极无自性心生即超越三劫瑜祇行。超越三劫即度信解地，升住第十地。在此需要注意的是一行在《疏》卷三所说的：「此经宗横统一切佛教，如说唯蕴无我、出世间心住于蕴中，即摄诸部中小乘三藏。如说观蕴阿赖耶，觉自心本不生，即摄诸经八识、三无性义。如说极无自性心、十缘生句， 即摄《华严》、《般若》种种不思议境界，皆入其中。如说如实知自心，名一切种智，则佛性一乘如来秘藏，皆入其中。于种种圣言，无不统其精要。」这是一行以此段经文为基础，综合全文意思而作出的教相判释，但经文本意不在于判教，而在于说明佛教内部小乘、大乘诸派不同程度的认识。
第四段分两小部分，前一部分说六无畏，也是继续回答心续生之相，说在各个认识阶段得到的不同的解脱，顺世八心阶段得善无畏，违世八心阶段得身无畏、无我无畏、法无畏，无自性心阶段得法无我无畏，极无自性心阶段得一切法自性平等无畏。
后一部分自「秘密主，若真言门」等至段末，说十缘生句，即密乘认识的最高阶段，密教以十喻直接观察认识，了了证知心之实相，即初发心时便以此十喻自证自觉，证自心之清净性，觉佛心之无相无别，此即如实知自心。最后之「应了知大乘句」等六句，可次第相释，次第相生。
第二品分三大段，第一大段自品首至「本位中住而复还入」，为该品序分，第二大段自「时薄伽梵复告执金刚秘密主言」至「世尊，彼善男子善女人同见佛世尊故」，为该品主要部分，讲入漫荼罗法之各个部分。第三大段即品末最后一段，讲坛法行事中的主要真言。
第一大段中首先以金刚手领解上文而赞叹佛说希有法，来简要总括上品所说中心大意，诸佛自证之菩提指摄如实知自心，不思议法界超越心地指摄三句诸心，以种种方便道等指摄所示现的加持境界。其次以设立问答来标明本品所说的主题：大悲胎藏生大漫荼罗王。
上已说修行成佛的道理，知道自心成佛是怎么回事，但如此妙果以什么方法来得到呢?
如此境界通过什么途径来达到呢?所以此品接着讲修行的方法，如同已知乳酪中有醍醐性，而以种种性能先进的器具和巧妙有效的技术、方法，加以提取一样必不可少。此品也是回答九问中的第七问修行句。按密教的说法，漫荼罗的修行方法，必须师授才能进行，不可妄自执文而学，否则不但不得成就，反而招致犯戒重罪。没有师授确有许多要领不得掌握。经文中不少行法简繁为略，更有多处地方省略，故传持密典者各有一套行用的密法，如善无畏传持《大日经》，以其《供养次第法》作为补充，并有不少不见之于文的行法，一行据其口传一一书之于《疏》中，因之密教非常重视师传，不是入室弟子不得其密法要领。
又漫荼罗行法中，一举一动、一印一言、一具一物，都有其特定的含义，行与思、体与相，都要并举齐用，相辅而行，这也就是一行浅深两释的原因所在。
再次以佛证人三摩地瑜伽而示现大悲胎藏生大漫荼罗境界，来使从中领悟到漫荼罗所体现的意义，如渐次证入大悲藏发生三摩地中，观悟如何次第修行。初无畏时以声字观修漫荼罗行，第二无畏时于有相观中修行漫荼罗行，第三无畏于唯蕴无我心中修漫荼罗行，第四无畏于法缘心中修行漫荼罗行，第五无畏于无缘心中修行漫荼罗行，第六无畏于平等心中修行漫荼罗行，离垢地以去各于自观心中修行漫荼罗行。并领悟以一切心为一心，一切门为一门，或以一心为一切心，一门为一切门。如世尊一切支分皆悉如来之身，从中领悟如来与众生其心平等，无胜劣之相。再如从遍至十方中领悟一切方便，毕竟同归，佛道各有不同，而归趣是一，如千江万河流趣各异，而终归大海。
第二大段分六小段，第一段自「时薄伽梵复告执金刚秘密主言」至第五自然段「彼阿阇梨以净香水授与令饮彼心清净故」，为阿阇梨支分。第二段自「尔时执金刚秘密主以偈问佛」，至第九自然段「于彼厢卫中，当建大护者」，为造立漫荼罗支分。第三段自「略说三摩地，一心住于缘」至第十二自然段「行者谛思惟当得不坏句」，为三昧支分。第四段自「尔时执金刚秘密主白佛言」至第十三自然段「诸余大有情一一皆献之」，为供养支分。第五段自「如是修供养」至第二大段末段前「所作随教行，勿生疑虑心」，为加持教授及护摩支分。第六段即第二大段最后一段长句，为入大悲藏功德支分。
第一段阿阇梨支分中大分为二，自段首至「诸佛菩萨之所称赞」，为阿阇梨小支分，说漫荼罗行法中对阿阇梨的各方面的要求和标准。自「复次秘密主彼阿阇梨若见众生堪为法器」至第一段末，为摄受弟子支分；其中自段首至「方便作成就当获萨婆若」，为摄受弟子仪式小支分，讲入漫荼罗行法中对弟子的要求和标准，以及摄受弟子的仪式。此诸行法较简略的，《疏》中予以详释。
自「行者悲念心」至「然后治地如其次第当具众德」，为治地支分，说择地治地及造坛择时等法。自「尔时执金刚秘密主头面礼世尊足」，至此段偈颂末「为度彼等故随顺说是法」，说教相与事相的关系，因为在第一品中说诸法实相远离一切诸相，佛住佛位常自寂灭，而此品中又为什么说择地造坛等等有为事相呢?所以此段中通过问答来解释无为教相与有为事相的关系，以解除疑惑。自「秘密主如是所说处所」，至下段偈颂「善哉摩诃萨所画甚微妙」，为图画灌顶坛支分，说造立圆坛、图画圣位、供养持诵等法。自「复次于余日摄受应度人」至第一段末，为摄受建立护持弟子支分，其中首先说所摄受之弟子的条件，及要求和摄受弟子之数。
其次说所造漫荼罗的名称、漫荼罗的含义、大悲藏漫荼罗的含义及其意义，以及限制灌顶弟子之数的原因等。再次说护持建立法，测验弟子是否成器，并护持其身心，增发信心。
最后说密教戒律，即三世无碍智戒及其受戒仪轨。
第二段一分为三，自段首至偈颂末「略说大悲藏漫荼罗位竟」，为造立漫荼罗支分，先说造立漫荼罗坛，次说漫荼罗图位，共三重十二院。其中第二重据《疏》引善无畏的话说：
「此中第二是隐语耳，若从中向外，当以释迦牟尼眷属为第三院，今则以毘卢遮那法门眷属为第一，释迦牟尼生身眷属为第三，诸菩萨在悲智之间上求下化，故为第二。所以如此互文者，此是如来密藏，为防诸慢法人不从师受者，变乱经文，故须口传相付也。」(卷五)
按照这一说法，一般以释迦院为第三重。按此胎藏漫荼罗圣位，中胎八叶院九尊，第一重十七尊，其中遍知院三尊、观音院七尊、金刚手院五尊、持明院二尊，第二重二十八尊，其中文殊院七尊、除盖障院九尊、地藏院六尊、虚空藏院六尊，第三重释迦院四十五尊，另金刚手院四使者、文殊院五使者、除盖障院二使者，共一百一十尊。一行《疏》另载入善无畏所传漫荼罗图位，其组织与经相同，而尊位增加了四十三尊。
此外，在密宗中流传的胎藏漫荼罗有《广大仪轨》、《摄大仪轨》、《玄法仪轨》，都与《疏》所载《阿阇梨所传漫荼罗图位》有些差异。日本入唐僧求取的《胎藏图样》、《胎藏旧图样》、《现图漫荼罗》等亦稍有差异。
自「尔时执金刚秘密主」至「当得通达真言法」，为漫荼罗功德支分，先说功德，后说赞叹金刚手语。自「尔时执金刚秘密主复白世尊」至第二大段末，补充说明造立漫荼罗中有关色彩、规格、供物诸法。其它入引弟子、灌顶、供养师、护摩等法在第五段中回答，三昧、真言二法即在下段回答。
第三段一分为二，自段首至「如是勤勇者为利众生故」，为三昧支分，说身密之瑜伽观想。先说三昧名义，即一心住于缘，而就广义有有相瑜伽和无相瑜伽两种。次说究竟三昧，由此证得自觉之自心。再说差别三昧，由此来证得不同阶段和不同方面的认识。最后说三昧之功德。自「复次世尊告执金刚秘密主言」至段末，为真言支分，因于此所说亦用于瑜伽观相来证悟其义，故置于三昧支分中。
先说如来真言通相及其功用，次说真言别相及其不同功用，再说真言实相，再后说真言教相，即相不异体、体不异相的真言教法。此中说字门观，以阿字为法教之本、真言之母，其它字门展转相释，而总归阿字本不生义。最后说真言功德。
第四段为供养支分，先说献花，次说涂香，再说供食、灯明、宝瓶等。
第五段自「如是修供养，次引应度者」至「住彼随法教，而作众事业」，为引弟子支分，回答前问如何引弟子。
自「如是令弟子远离于诸过」至以下寂灾之真言，为护摩支分。自「行者护摩竟」至此段偈末「而施现前僧」，为供养师支分，亦属加持教授支分。按密教的解释，阿阇梨让弟子供养施舍，并非贪着财物而索取，是为了使弟子发生善根、成就灌顶功德。如果弟子能以内外所有资财，为求大事因缘而无所悭惜，诚心奉献于传法之人，则能摧坏无量宿障，消除疑悔心理，内心平静、灌顶去垢即能起作用，并以此因缘能为众生遍施正法财宝。自「尔时毘卢遮那世尊」至此段偈末「忽生疑虑心」，为灌顶支分，亦属加持教授分。
此中最后诸句说三昧耶戒，共四戒：一、不应舍正法，二、不应舍离菩提心，三、不应悭惜一切法(不惜正法，观机惠施)，四、勿于一切众生作不饶益行。此四三昧耶戒被视为密教的戒律，为密教一切行事的根本。《疏》说：「此四夷戒是真言乘命根，亦是正法命根，若破坏者，于秘密藏中犹如死尸，虽具修种种功德行，不久败坏也。」(卷九)
第六段自「尔时金刚手白佛言」至「同见佛世尊故」，为入大悲胎藏漫荼罗功德支分，亦是回答第一品中第六问功德聚一句。
第三大段为行漫荼罗法事时所要用的主要真言支分，以大力大护真言为限前后分为两小段，前段说有如来出世无量广长语轮相，以及出广长舌相遍覆一切佛剎清净法幢高峰等，显示如来语密之藏，因前文已显示如来身密漫荼罗和意密漫荼罗，故于此开示如来普门语密漫荼罗，以使从中领悟真言之意义和功用。此中显示之语密三昧，即三世无比力真言句，为诸真言所出生之处。后段说诸分别真言及其功用。