《大日经》为与一般只讲仪轨的密教经典相区别，精心组织了它的教义，构建了一套自己的理论体系。所讲如实知自心，是它的本体论，回答修行什么的问题；所讲因根究竟三句，是它的实践论， 回答怎样修行的问题；所讲身语意三密，是它的方法论，回答用什么修行的问题。如果用传统的理论解释，如实知自心是体，三句是相，三密是用。
《大日经》的本体论是从心性论的角度讲缘起的，所以说如实知自心就是菩提、就是一切智智、就是诸法实相、就是心实相。《大日经》认为觉悟成佛就是完全真实地认识和证知众生自己的心，就是自心自觉、自心自证，就是心自证心、心自觉心，如实地证知自心，就是佛，不能如实地证知自心，就是众生，佛与众生在本质上是没有什么区别的，区别在于是否如实证知了自心。
《大日经》认为没有什么东西可以超出人的认识之外，世界上的一切事物和现象都包罗在心之内，但这个认识、这个心并不完全是一般意义上的认识和心，如果把本来无分别的心一分为二，那么人们一般的认识就是心之相，心的一种显现和表象。人们超越的认识，只有自己亲自体证、觉悟才能达到的认识，就是心之体、心之性，在这里需要注意的是，所谓心之体、心之性，是就与心之相的同一性、无分别性而说的， 并不是另有一种异己的、脱离心相的、玄之又玄的存在，否则强调自心就没有意义了。前者称之为心相，或者识心，后者可称之为心体、心性，或者净心、菩提心。二者既对立又统一。
净心的总的特性(所谓特性是就识心而言，实际上是指事物的共性)是清净，而清净的含义，就事物的不同性和差别性来说， 一是无相，就是说净心没有任何可以让人的感官所能感知和认识的相状，也就是说不与任何一种事物和现象相同。包括能够感知和认识客观对象的感官，被感官所能感觉和认识的客观世界，以及二者之间发生作用而产生的感觉和认识，也包括这三者的形体、颜色、性质(一般所认为的性质，在佛教看来也不过是一种相状)，以及存在的方式等等。如果为了使人明白而勉强作个比喻的话，就像空间一样，广大而没有边际，深厚而没有高下，普遍而无处所可言，寂静而无运动变化可言。故净心之无相是超越的、绝对的。
就事物的同一性和统一性来说，二是无分别，就是说二而不二，是唯一的存在，其中没有主体，也没有客体，没有规定之性，也没有显现之相，反言之，主客为一，性相为一，这个一就是最高的存在。如世界万物都有所依托而存在，人依托于地而存在，地依托于气和宇宙引力而存在，气和力依托于空间而存在，但空间依托谁呢?空间没有依托，所以净心是唯一的存在，是终极的存在。
然而除去宇宙万象，空间又何以成空间呢?当然没有脱离万象的空间，所以净心的存在是同识心的存在相一致，根本上来说二者无有分别，二而不二，于业烦恼解脱，而业烦恼具依，生死即是涅槃，涅槃即是生死，般若即是方便，方便即是般若，自心即是佛心，佛心即是自心。
就事物的缘起或本原来说，三是本不生，就是说任何事物和现象都是依一定的因缘条件而生成变灭，因而都没有自己的规定性，其存在是暂时的、相对的，受其它事物的规定和支配，而其它事物又由别的事物规定，别的事物又由另外的事物规定，如此展转相生，往复无穷，而究极之处即是不生之际，不生之际就是净心止住之地，所以本不生就是因缘而生之本、之原，净心是识心之本原。
由此三方面来看，净心不动不移，永恒常任，清净无为，它的存在是不依人的意志为转移的，但与你同在，与你共住，只要如实地认识了自己，如实地证知了自心，就是证悟到了最高的存在，具有了最高的智慧，虽处生死即住涅槃，虽是众生而为佛陀。净心不是因缘所生之法，但要认识它是不能没有因缘的。净心是超越一切事物和现象的，但要证知它必须从具体的事物和现象开始，所以认识了识心、证知了心相，就是最终认识和证知了净心。
净心的认识和证知，是与识心的认识和证知是一致的，说菩提就是如实知自心，其道理也在于此。
心相或识心包括人的感觉和认识，以及感知认识的对象、产生感知的感官本身等，因为在佛教看来，世界上没有一样东西独立于人的认识范围之外的，凡是能够感触、觉知、认识、推测、想象、体验的东西都包括在人的认识范围之内，即众生自心之内，如果有一样东西不可推测想象，不可感觉体证，无法加以思惟和谈论，其存在也就没有意义了，所以佛教不是取消客观存在的物质世界，而是把它纳入人的认识，即心的范围之内，为精神现象中的一部分。
《大日经》中的心相，在广义上也是指认识及认识所及的一切存在，而认识佛心，正是认识心相，层层深入，直达源底，所以对心相的认识过程也就是对心性的认识过程。那么，怎样才能认识心相，层层深入而直达佛心源底呢?这就要首先知道人们对心相最初的认识是怎样发生的，由此懂得如何开发自己的善业种子，并使认识初步提高，其次不断排除各种错误的思想和不正确的心理，使自己的认识由浅入深，最后便推陈出新，得出正确的认识，明见净菩提心。
《大日经》认为人们最初不懂得事物的因果关系，相信万物都有灵魂，相信世界是由神或某一种物质和现象支配着，这种认识把一些子虚乌有，和有名无实的东西当作真实的存在，因而分别出种种之实在(我) ，他们不能观察认识各自所谓的实在的本性，于是就有了我、我所的分别，有了神和人的对立，实在和万物的对立，这种认识便是最愚昧无知的违理之心。
后来人们逐步认识到因果关系，知道善恶受报的道理，并由此来约束自己的行为，持斋修善，及至归依三宝，这是顺理之心，此心因认识深浅不同，善业增长之不同，而有次第八心。如同树木先由种子生芽，然后长茎、出叶、开花、结果，及至得受用种子，无畏依婴童心，称顺理八心，或顺世八心。要认识心相，证知自心， 首先就要从此开始，认识到善恶因果关系。
其次要对治由贪、瞋、痴、慢、疑五根本烦恼，以及由此而引起的六十种，及至一百六十种不正确的心理现象和错误认识。认识到一切事物和现象只有假合的五蕴，而没有独立实在的主体，也认识到十二因缘的道理，这种认识就是出世间心。其中又因深浅之不同，而有唯蕴无我、根境界淹留修行、拔业烦恼株杌、无明种子、生十二因缘、离建立宗等八种不同的认识，称之为违世八心。
再次又摆脱违顺八心等肤浅的认识，更进一步认识到聚合成事物的五蕴等因缘，也都是由别的因缘聚合而成，不但人无自体，而且任何事物和现象，也都没有永恒实在的自体，知三界唯心， 心外更无一法，而心亦无自性，觉自心本不生，这就是无自性心。其后又进一步认识到自心本不生际的那个境界也是不实在的，不但认识到人们认为是实在的东西不实在，也认识人所认为的不实在的东西也不实在，双离有为无为界，总之要完全摆脱藉助感官和思惟而进行认识的范畴，这种认识称之为极无自性心。
最后更以幻、阳焰、梦、影、干闼婆城、响、水月、浮泡、虚空华、旋火轮等十喻，直接观察一切事物和现象，知其无不从缘而起，认识到心之实性，没有一法可以显示，让人以思惟语言加以表达，亦不可传授于人，只能自证自悟，了了证悟到心相即是心性，自心即佛心，生死即是涅槃，诸法即是实相，二者之间并无界限， 这种认识称之为如实知自心。
所以如实知自心。完全彻底的证知菩提净心，要认识以上六大心相，而从认识因果规律开始，经过五种由浅入深的认识阶段。当然这六种心相或五种认识阶段，并不是必须要经过的，只要了解和认识了它，就可以十缘生句直接观察世界一切事物和现象，从中自然证悟到自心实相。
因根究竟三句，即菩提心为因，大悲为根，方便为究竟，这是《大日经》所说的修行理论，是它的实践论。菩提心为因，是讲修行成佛的可能性，亦即内在根据和外在原因。大悲为根，是讲修行成佛的条件和基础。方便为究竟，是讲修行成佛的方法和结果。这三句也称为因行果三句。
《大日经》认为众生与佛在本质上是没有区别的，众生自心即是佛心，因而每个众生都有着成佛的可能性，每个众生都可以成佛。凡是要修行成佛，获得最高智慧的众生，首先就要认识到这个道理，上面所讲的如实知自心，可以说其中讲的都是这个道理，因为懂得了这个道理，就能产生内在的动力，对自己的事业产生深信力，树立起坚定的信念，佛法大海，信为能入，信心是获得成功的前提，是修行成佛的外在原因。
说菩提心为因，菩提心，一是指众生内在具有的净菩提心，二是指发意志求菩提的信心。
而此信心由认识到自己本来具有的净菩提心而产生，一旦产生了志求菩提的信心，也就有了可以生根发芽的菩提心种子。
然而怎样使菩提心种子生根发芽及至不断增长呢?这就是第二句要回答的问题，而主要指大慈大悲两方面。大悲为根，大悲即大悲万行，包括各方面的修行行为和活动，大慈犹如给种子及其植株以适宜的水份、温度、光照、空气、养分等，大悲犹如给种子及其植株，除去影响它生长的杂草、病虫之害，只有这两方便的条件才使种子正常生根发芽，茁壮成长。
同样修行者一方面要积极进取，普为一切众生施善与乐，另一方面要以勇猛无畏的精神，拔除众生的一切苦难， 消灭一切烦恼障碍。大慈与大悲相辅而行，才能具足菩提种子逐渐增长及最终成就佛果的种种因缘条件。《大日经》所讲的大悲胎藏生大漫荼罗修行法，都包含在大悲句中。有了各方面的条件和基础，就等于有一条宽敞的大道到达终点，还不是终点本身，如何迅速地到达终点，是乘神通而达呢?还是乘羊乘马而达?这还需要选择。
所以第三句说方便为究竟，只有藉助高明的技巧和有效的方法，最终才能到达究竟之地，这里就需要权宜，应物之权才能究尽能事，开权才能显实，没有方便之船就不能越度心相大海、到达心性彼岸，有了方便就等于到达究竟之地。《大日经》所讲身语意三密就包含在方便这一句中，三密就是密教特有的神通方便，是如实证知自心的快捷方式。
因根究竟三句是个有机的整体，互相联系在一起，菩提净心犹如含藏在矿石中的真金，本性明洁，不被侵蚀损耗。大悲犹如以种种药物冶炼，除去矿石杂质，以至使真金明净柔软，伸屈自在，方便犹如巧艺成就，要想造成什么形状，就可以造出什么形状，随意皆成。
身语意三密是《大日经》所讲的最基本的修行方法，故称所讲之法为身语意平等句法门，一行《疏》也认为身语意三密平等法门为该经之大意。但三密一语，并不见于《大日经》的文字中，始见于善无畏的《大日经供养法次第法》，而一行《疏》根据经意作了阐发，说：「入真言略有三事：一者身密门，二者语密门，三者意密门。」三密有众生修行之方便三密，有如来平等之三密，众生方便之三密，即是手结印契为身密，口诵真言为语密，心观本尊为意密。「身密者，即是诸印，如四重大漫荼罗一一本尊各有密印，若观此身印，即知此尊所表秘密之德，随类上中下差别有无量种也。语密者即是诸尊所有真言，闻此真言，即知此尊内证之德也。意密者即是本尊瑜伽之观，亦随四重方位各各不同。」(《疏》卷十四)
如来三密，即是如来清净三业，身等于语，语等于意，三无差别，这是如来平等三密。
如来又有加持三密，即身加持之密印，语加持之真言，意加持之妙观。但广而言之，如来所现一切威仪举止，都是密印，所闻一切音声语言，都是真言，所见一切本尊境界，都是瑜伽妙观。
按《疏》的阐发，众生如能以三密方便，于漫荼罗行中加以修行，自净三业，即为如来三密之所加持，乃至于此生中修满十地，相应成佛，不再经历劫数。众生在修行中以此三密为方便门径，如来即以身平等之密印、语平等之真言、心平等之妙观，可使众生远见如来加持受用身，而从此加持受用身即可证悟修行者自己平等智身，亦即证悟自身与佛身本尊一体无二，丝毫无别，故一行《疏》说住此密乘者，以不行而行，以不到而到，实无能入者，无所入处，以无所住而住其心。
《大日经》与其它密典相同，主要也是讲修行的密法，密法是经文的重心所在，其实这也是所有密教经典的特点，躬行实践、注重修行，是密教与其它各派相区别的一个地方。
密教经典各有自己的密法体系和密法理论，《大日经》的密法称之为胎藏界、胎藏界漫荼罗，全称大悲胎藏生大漫荼罗王。
大悲，即大悲万行、种种修行。胎藏，喻众生自心中含藏有菩提净心之种子，如同母胎中含藏之孕体，凡所发育成熟之胎儿肢体器官均于此中具备无遗。生，即发生。漫荼罗，有轮圆具足、万德聚集、醇净无上之义。王，即最高最上之义。
大悲胎藏生大漫荼罗王全句意思，即众生自心本具的菩提心种子，以大悲万行之所含藏养育，以三密方便之巧艺，终至发生圆满无上之菩提佛果。全句表示胎藏密法修行的原理。
胎藏漫荼罗的组织结构是中胎三重十二院，中胎为如来菩提自证之德所现之八叶中胎藏身(五佛四菩萨)。第一重为佛之金刚密印所现之金刚手等诸内眷属。第二重自佛大悲万行所现之大菩萨诸大眷属。第三重从佛普门方便所现之一切众生喜见随类之身。如衍略为广，从中胎一一门各流出第一重种种门，从第一重一一门，各流出第二重种种门，从第二重二门，各流出第三重种种门，如此旋转无穷，遍满宇宙。三重十二院摄广为略。